1.基础医学院工会

2.附属医院、中医学院工会

3.药学院工会

4.针灸推拿学院工会

5.护理学院工会

6.健康管理学院工会

7.附属第三临床医院、康复医学院、中西医结合学院工会

8.吉林省人参科学研究院工会

9.机关工会（含离退休工作处）

10.临床医学院工会

11.职业技术学院、继续教育学院工会

12.后勤工会

13.马克思主义学院工会（含青年马克思主义者培养学院）

14.图书馆联合工会（含图书馆、学术期刊社、档案馆）

15.体育教学部工会

16.创新实践中心工会

17.外语教学部工会

18.医药信息学院工会

19.东北亚中医药研究院工会